به دلیل زخم معده، به دستور معالج در بیمارستان بستری شدند. و چون ایشان و ضعیف البُنیّه بودند و در وقت بستری شدنشان 89 سال از عمرشان می گذشت لذا طاقت تحمل جراحی بدون ممکن نبود و از طرفی هم ایشان اجازه بیهوشی کردن را نمی دادند، زیرا معتقد بودند که در هنگام بیهوشی، تقلید مقّلدین اشکال پیدا می کند.

معالج به ایشان عرض می کنند که طبق آزمایشها و برداری ها، باید حتماً عمل جراحی روی حضرتعالی صورت گیرد.
می فرمایند: مانعی ندارد، عمل جراحی را هر وقت خواستید شروع کنید. ولی قبل از آن به من خبر دهید که با و توجه به آن، مشکل بی هوش کردن شما هم حل می شود.
دکتر جراح پذیرفت و لحظاتی بعد عرض کرد: ما آماده هستیم که دست به کار شویم.آیت الله خوانساری فرمودند: هر وقت من شروع به خواندن کردم شما هم شروع کنید، دکتر می گوید: تا ایشان شروع به خواندن سوره انعام کردند چاقوی جراحی را روی شکم ایشان گذاشته و دست به کار شدیم، و چنان ایشان بی حرکت بودند، گویا در حال بی هوشی کامل هستند، بعد از پاره کردن و دوختن و اتمام کار، عرض شد که ، کار ما تمام شد ایشان قرآن را بستند و فرمودند: صدق الله العلی العظیم.
عرض کردم: آقا دردتان نیامد؟!
فرمودند: مشغول قرآن بودم نفهمیدم.